Linux puede ser tan seguro como Windows y tan inseguro como Windows. Hay varias cuestiones. En Linux por defecto vas a tener que pasar por el aro de estar metiendo contraseñas de administrador para hacer cualquier cosa, excepto si empleas "sudo" que desde mi punto de vista es un coladero más que una herramienta.
Los sistemas operativos bien configurados y gestionados pueden ser tremendamente robustos (dejando bugs aparte) la mayoría de los ataques vienen generados por una mala configuración o gestión por parte del usuario (o de los administradores de sistemas de una empresa) por ejemplo ¿qué pasó con el wanna cry en telefónica? los administradores deben contar con la premisa de que los usuarios son imbéciles y van a abrir cualquier cosa ¿Es posible que un sistema quede cifrado por un ransomware? Sí, y en Linux la cosa no cambia, puedes cifrar los datos del usuario perfectamente. Lo que no es lógico por ejemplo es que las propias copias de seguridad hayan quedado cifradas, eso es porque los usuarios tenían permisos de escritura sobre las copias de seguridad de los demás usuarios... y aún así, es una premisa bastante obvia pensar que una vez que la copia de seguridad queda realizada hay que moverla automáticamente a un repositorio donde SÓLO los administradores de sistemas tengan permisos de escritura y los demás lectura, ya que es de ahí de donde deben restaurarlas luego. Bueno pues esto a algún genio no se le ocurrió y lo que pudo ser una intervención de rutina de unas pocas horas se convirtió en el penúltimo caso sensacionalista de piratas informáticos asaltando una de las más importantes multinacionales de telecomunicaciones de España y Latinoamérica
En resumen yo siempre he preferido Linux por encima de Windows en ese sentido, pero por una razón muy obvia. Con Linux no es que vaya a evitar bugs y backdoors pero al menos sé que no fueron introducidos ahí a propósito para que el FBI y la CIA puedan ver lo que estoy haciendo como sí hace Micro$oft, de vez en cuando algunas puertas traseras son descubiertas por casualidades de la vida y entonces lo parchean para generar otras nuevas. Eso en Linux no pasa, simplemente.