Era la cache del navegador, pasándole el ccleaner se arregla. Pero siguen habiendo errores:

A partir de aquí solo hay un require_once('includes/functions.php'); al principio de index.php y en ningún archivo más.

Recien pasado el ccleaner, sin iniciar sesión:

Warning: session_start(): Cannot send session cookie - headers already sent by (output started at C:\xampp\htdocs\themes\default\views\layouts\main.php:76) in C:\xampp\htdocs\includes\functions.php on line 28
 
Warning: session_start(): Cannot send session cache limiter - headers already sent (output started at C:\xampp\htdocs\themes\default\views\layouts\main.php:76) in C:\xampp\htdocs\includes\functions.php on line 28
 
Warning: session_regenerate_id(): Cannot regenerate session id - headers already sent in C:\xampp\htdocs\includes\functions.php on line 29
 
Notice: Undefined variable: mysqli in C:\xampp\htdocs\views\site\login.php on line 5

Y se muestra el formulario y todo el codigo html.

Esto cuando inicias sesión, y no se muestra el resto del codigo html.

Warning: session_start(): Cannot send session cache limiter - headers already sent (output started at C:\xampp\htdocs\themes\default\views\layouts\main.php:76) in C:\xampp\htdocs\includes\functions.php on line 28
 
Warning: session_regenerate_id(): Cannot regenerate session id - headers already sent in C:\xampp\htdocs\includes\functions.php on line 29
 
Notice: Undefined variable: mysqli in C:\xampp\htdocs\views\site\login.php on line 5
 
Fatal error: Call to a member function prepare() on a non-object in C:\xampp\htdocs\includes\functions.php on line 155

La linea 76 de main.php es la etiqueta php que abro para llamar la funcion showContent()

¿Te refieres a que lo haga sin función? Y que en main.php haga un echo a $content???

Si, llamo a sec_session_start(); en todas las paginas, ese puede ser el problema? Entonces tambien lo tengo que llamar en index.php no??

Si, lo de sec_session_start(); ya esta arreglado, lo he puesto solo en index.php despues del require_once y han dejado de salir esos errores.

Vale, si quito la función, lo que pasa es que se ejecuta el return $content; y lo muestra al final del archivo y no donde deberia ir, entonces necesito alguna manera de que se incluya donde antes, en el div y realmente no se como hacer eso

Pero si, ya no hay ningún error

Se me olvido quitar del logout.php y del process_login el session start y he tenido algunos problemas, ya estan solucionados.

Pero en el process_login.php si quito el include_once functions me da error funcion login() no definida.

login.php lo llama en el form action="includes/process_login.php" entonces tiene que requerirlo, le he dejado require normal, ya que process_login no se incluye en ningún sitio.

Pero ese no es el problema, process_login necesita sec_session_start(); o no "inicia sesion"...

<?php
 
require('functions.php');
 
sec_session_start();       // sin esto no inicia sesión y no veo ningún error
 
if (isset($_POST['email'], $_POST['p'])) {
    $email = $_POST['email'];
    $password = $_POST['p']; // The hashed password.
 
    if (login($email, $password, $mysqli) == true) {
        // Login success
		header('Location: /home');
    } else {
        // Login failed
        header('Location: /login?error=1');
    }
} else {
    // The correct POST variables were not sent to this page.
    echo 'Invalid Request';
}
?>

Entonces al cerrar sesión salen estos errores:

Warning: Cannot modify header information - headers already sent by (output started at C:\xampp\htdocs\themes\sportislife\views\layouts\main.php:74) in C:\xampp\htdocs\views\site\logout.php on line 15
 
Warning: Cannot modify header information - headers already sent by (output started at C:\xampp\htdocs\themes\sportislife\views\layouts\main.php:74) in C:\xampp\htdocs\views\site\logout.php on line 19

Dejo tambien el logout.php:

<?php
 
// Unset all session values 
$_SESSION = array();
 
// get session parameters 
$params = session_get_cookie_params();
 
// Delete the actual cookie. 
setcookie(session_name(),
		'', time() - 42000, 
		$params["path"], 
		$params["domain"], 
		$params["secure"], 
		$params["httponly"]);
 
// Destroy session 
session_destroy();
header('Location: /home');
?>

¿Como puedo solucionar este problema?  

Gracias!