No soy avanzado en PHP, ni siquiera soy medio segun mi propio criterio, pero lo que he leido al respecto es lo siguiente:
Existen varias formas de conectarse a una BD. En PHP por ejemplo, existen 3 que son básicas:

• MySql
• mysqli
• PDO

Donde:
MySql es la versión antigua, actualmente sin soporte y posiblemente desaparezca en futuras versiones.
mysqli: Es la versión actual, orientada a objetos y con mayor desempeño que su antecesora.
PDO: Es una capa abstracta para conexion a las BD donde te permite ejecutar las mismas sentencias indiferente del tipo de conexion que uses: SLQ, Ocacle, etc. Es muy útil cuando vas a iniciar una aplicación con una BD y luego usar otra (ej: MySql y luego MSSQL).

Siguiendo esta linea de pensamiento, a mi entender, el orden sería: Utilizar MySql como último recurso o no utilizarlo ya que será eliminado posiblemente en futuras versiones. Luego de eso, sería escoger entre mysqli y PDO. Donde la importancia sería si quieres mejor rendimiento (mysqli) o posibilidades de migración (PDO).
No sé si me enredé mucho, pero es lo poco que sé.

mejor... muestra tu query... yo creo que lo que quieres se puede hacer en usa sola query en lugar de 600