En internet los mejores ejemplos que he encontrado para aprender MVC en PHP son:

http://www.jc-mouse.net/proyectos/mvc-modelo-vista-y-controlador-en-php

http://www.hasheado.com/php-implementando-el-patron-de-diseno-mvc.html

Busque por todo el foro que habia sobre MVC en PHP encontre estos son los mejores ejemplos:
Ayuda con diferencia entre MVC y MVC++
http://foro.elhacker.net/empty-t375543.0.html

MVC - Diseño de modelos ¿Como se plantea?
http://foro.elhacker.net/empty-t339179.0.html

Desarrollo modular en CodeIgniter
http://foro.elhacker.net/empty-t335336.0.html

Frameworks PHP MVC ligeros/livianos
http://foro.elhacker.net/empty-t326868.0.html

FrameWork PHP
http://foro.elhacker.net/empty-t296091.0.html

Framework para Proyecto PHP
http://foro.elhacker.net/empty-t241332.0.html

Mas sin embargo ninguno abarca en si como se crea desde cero un sistema sencillo en php que maneje Modelo - Vista - Controlador.

La idea de este post que hago es precisamente despues de hacer un estudio minucioso de todo lo que encuentre en la web, rescatar los mejores manuales que enseñen de manera clara y objetiva a programar siguiendo la estructura MVC. desde cero sin usar ningun framework.