Buenas (ツ)
Se me ocurre primero probar descargarte todo a la vez.
El webshell b374k-shell ya tiene una opción para comprimir todo un directorio.
Si no te lo permite este webshell supongo que aunque te crees tu uno dará el mismo resultado.

Otra podría ser meter un sh en la lista de tareas cron, si tienes acceso a esa parte del server y esperar a que se ejecute como root