así es, mas que un binario es una librería .so en linux y .dll en windows por lo tanto su código es cerrado, y lo que hace es tomar el contenido del archivo completo y separa el cifrado y lo muestra en pantalla... ahora.. como lo hace?, si te doy un string que diga echo 'hola' cifrado en base64 como lo ejecutarías?.. primero debes descifrarlo y ya que tienes el string con el código no queda otra alternativa de procesarlo con eval ya que no creo que esa librería reinvente todas las funciones de php para interpretar linea por linea.. para mantener la integridad del código original deve procesar el mismo php o sea eval, por eso si logras hacer que eval funcione como echo te estará devolviendo el código fuente original del descifrado en ves de hacer que php lo interprete.