a que te refieres con archivo externo exactamente?
para borrar contenido de un archivo tienes que leer ese archivo y a medida que lo haces puedes ir reemplazando el contenido por una cadena vacia.
para indicar que contenido eliminar puedes usar la funcion preg_replace que trabaja con expresiones regulares

mas info
http://www.php.net/manual/en/function.preg-replace.php

en el caso del form puedes usar strip_tags() supongo tambien

saludos