Probad el deluge, es sin duda el mejor reemplazo del utorrent. Le hay tanto para linux como para windows. Yo le uso en ambas plataformas y como la carpeta donde descargan es la misma solo tengo que cargar el torrent en ambos y así puedo continuar la descarga desde los dos, osea donde uno lo deja otro lo continua y así sucesivamente.
Saludos...
Songoku