Vaya tontería...
Dejando la margen programas que específicamente tengan diseñada tales funcionalidades desde su diseño (es decir que se venden así en sus versiones).

El software puede ser el mismo y oficial (pongamos una base SQL que administra el sistema), simplemente con tener otra base de datos con determinadas funciones exprofeso, es más que suficiente.
Entran datos que pasan (por ejemplo) a una BD, luego ciertas funciones pueden filtrar la entrada y el resultado pasarlo a otra BD. La primera podría se rla 'negra' la segunda la que se muestre a Hacienda.
Es más dichas funciones podrían permenecer ocultas y solo ser activadas por el propio administrador, bajo ciertas condiciones (similar a las puertas traseras, pero siendo 'delanteras'). Es decir no requiere un software aparte ni exprofeso, y salvo que el propio programa (la instalación) sea confiscado para ser investigado por expertos, uno en dases de datos (que dilucide qué hace cada función instalada) y otro de Hacienda que por su parte dirima si eso que hace es legal o ilegal, no va a servir de nada.
La BD 'negra', siempre te la puedes llevar contigo, conectarla cada día o tenerla en remoto y excusarte  (si se dan cuenta y preguntasen), que es una duplicada de seguridad de la BD del negocio (y al caso tener efectivamente también un duplicado de seguridad, tanto por su propia función como para escamotear la posibilidad de que se percaten de la existencia de una segunda BD ausente).