Yo personalmente pienso que en lugar de ir implementando uno por uno en cada protocolo un cifrado ( pues esto solo hace lento el proceso y ademas crea nuevos puertos )

Con esto me refiero a que por ejemplo el puerto original del correo SMTP era el 25 , pero
las versiones del correo cifradas ya utilizan otros puertos , y solo se disminuyen asi los puertos disponibles

Mi idea personal es implementar un cifrado al nivel de TCP/IP , es decir , que tu envies tu HTTP o lo que sea tranquilo sin necesidad de implementar cifrado , pero que el protocolo de transporte cifre los datos contenidos en los paquetes

Yo creo que si eso se pusiese en practica se resolveria gran parte de todo el tinglado de la NSA
Lo siguiente seria asegurarse bien en quien confias online y yo creo que con estas 2 cosas se combatiria bastante el espionaje ...