Un aspecto bastante molesto con el que se encuentran los usuarios que utilizan en un mismo sistema Windows y Linux y comparten discos duros entre ellos (por ejemplo, un disco con datos, aunque los discos de los sistemas sean independientes) es que, al cambiar desde Linux a Windows, este detecta que ha ocurrido algo extraño en el disco y antes de arrancar el sistema lanzará una comprobación de CHKDSK del disco que se detecte con algún posible error para poder solucionarlo antes de poder acceder a Windows.

Esto ocurre debido a que Linux escribe en las particiones NTFS de forma diferente a como lo hace Windows, por lo que al sistema operativo de Microsoft no le termina de encajar y lo detecta como un posible error que intenta solucionar. En ocasiones, también puede ser que, durante este proceso de CHKDSK, algunos archivos sean eliminados al tener parámetros extraños, ocasionando una considerable molestia al usuario.

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