Corríjanme si me equivoco, en el modo pantalla completa la aplicación le dice al explorer.exe, ey, ey... tomate un descanso, con lo cual el juego tiene un mejor rendimiento. Así que no puedes acceder a las demás ventanas al menos que vuelvas al modo ventana
.
El único juego que me inicia en fullscreen es el pes 2009, este me da la opción con ALT+ENTER cambiar a modo ventana, muchos juegos tienen esta opción.
Como lo menciona
BloodSharp, podrías inyectar una dll, usar las funciones gráficas y pintar tu ventana encima o jugar en modo ventana (no sería óptimo pero funcionaría).
https://docs.microsoft.com/es-es/windows/uwp/graphics-concepts/windowed-vs--full-screen-modeSaludos.