Vamos por partes...

Primeramente, el flag MOUSEEVENTF_MOVE lo que hace es mover la posición del mouse relativamente desde su posición actual, dicho de otro modo, lo que estás haciendo es deslizar la posición actual mediante los offsets que le especifiques al parámetro dX y dY... por eso se te va a la esquina inferior derecha, no estás usando coordenadas absolutas.

Para realizar un movimiento absoluto debes especificar el flag MOUSEEVENTF_ABSOLUTE, pero para poder usar la función de esa manera primero debes convertir las coordenadas absolutas como indica la documentación:

• https://msdn.microsoft.com/en-us/library/windows/desktop/ms646260(v=vs.85).aspx

Ejemplo:

<Flags>
Public Enum MouseEventFlags As UInteger
    Absolute = &H8000UI
    LeftDown = &H2UI
    LeftUp = &H4UI
    MiddleDown = &H20UI
    MiddleUp = &H40UI
    Move = &H1UI
    RightDown = &H8UI
    RightUp = &H10UI
    XDown = &H80UI
    XUp = &H100UI
    Wheel = &H800UI
    HWheel = &H1000UI
End Enum
 

Friend NotInheritable Class NativeMethods
 
    <Obsolete>
    <SuppressUnmanagedCodeSecurity>
    <DllImport("User32.dll", EntryPoint:="mouse_event")>
    Friend Shared Sub MouseEvent(
   <MarshalAs(UnmanagedType.U4)> ByVal flags As MouseEventFlags,
                                 ByVal x As UInteger,
                                 ByVal y As UInteger,
                                 ByVal data As UInteger,
                                 ByVal extraInfo As UIntPtr)
    End Sub
 
End Class

Dim pt As New Point(100, 100) ' Absolute position.
 
' Dim currentPosition As NativePoint
' NativeMethods.GetCursorPos(currentPosition)
' Dim scr As Screen = System.Windows.Forms.Screen.FromPoint(currentPosition)
Dim scr = System.Windows.Forms.Screen.PrimaryScreen
 
pt.X = ((pt.X * 65535) \ scr.Bounds.Width) + 1
pt.Y = ((pt.Y * 65535) \ scr.Bounds.Height) + 1
 
NativeMethods.MouseEvent(MouseEventFlags.Absolute Or MouseEventFlags.Move, pt.X, pt.Y, 0, UIntPtr.Zero)

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Segundo, la función mouse_event lleva siglos marcada como obsoleta tras la aparición de la función SendInput, que es la que deberías usar para todo lo que concierna a la simulación de eventos del teclado y el mouse...

Un ejemplo de uso de SendInput para mover el mouse de forma absoluta, ya asumiendo que tengas todas las estructuras y miembros necesarios declarados en tu código (no voy a mostrar la implementación en .NET puesto que ocupa demasiado espacio para el post):

Dim inputList As New List(Of Input)
Dim currentInput As New Input()
 
Dim pt As New Point(100, 100) ' Absolute position.
' Dim currentPosition As NativePoint
' NativeMethods.GetCursorPos(currentPosition)
' Dim scr As Screen = System.Windows.Forms.Screen.FromPoint(currentPosition)
Dim scr = System.Windows.Forms.Screen.PrimaryScreen
 
pt.X = ((pt.X * 65535) \ scr.Bounds.Width) + 1
pt.Y = ((pt.Y * 65535) \ scr.Bounds.Height) + 1
 
With currentInput
    .Type = InputType.Mouse
    .InputInfo.MouseInput.X = pt.X
    .InputInfo.MouseInput.Y = pt.Y
    .InputInfo.MouseInput.Flags = (MouseInputFlags.Absolute Or MouseInputFlags.Move)
    .InputInfo.MouseInput.Time = 0
End With
inputList.Add(currentInput)
 
Dim count As Integer = NativeMethods.SendInput(inputList.Count, inputList.ToArray(), Marshal.SizeOf(GetType(Input)))
 

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Tercero y último, si tu único propósito es mover el mouse a unas coordenadas relativas o absolutas entonces te estás complicando la vida excesivamente, cuando simplemente puedes usar la función nativa SetCursorPos y de este modo evitar el tener que realizar tediosas transformaciones de coordenadas...

<SuppressUnmanagedCodeSecurity>
<DllImport("User32.dll", SetLastError:=True)>
Public Shared Function SetCursorPos(ByVal x As Integer,
                                    ByVal y As Integer
) As <MarshalAs(UnmanagedType.Bool)> Boolean
End Function

Pero mucho mejor incluso es sin duda alguna usar diréctamente la propiedad System.Windows.Forms.Cursor.Position, y así evitar el uso de código no administrado por tu parte...

Cursor.Position = New Point(100, 100) ' Absolute position.

...puesto que no hay necesidad de hacer lo que estás haciendo, del modo en que lo esás intentando hacer para el fin que quieres conseguir, no en .NET. Deberías usar los miembros que el framework ya expone para manipular la posición del mouse. Para eso están ahí.

Saludos.