Si es de un solo uso, es decir esto lo haras con un fin especifico, puedes agregar todos los archivos a My.Resources e irlos copiando en el orden que desees y creando cuantas carpetas quieras en el orden que decidas ya predispuesto todo en el codigo.

Ahora si lo que quieres es algo general tengo algunas ideas pero tendria que pensarlo...

Para copiar un archivo desde resource basta con hacerlo con FileWriteAllBytes

'zlib0 es mi recurso
            Dim zlib As Byte() = My.Resources.zlib0
'mrs.exe es como queremos que se guarde en la misma carpeta donde estamos
            File.WriteAllBytes("mrs.exe", zlib)