Mira te lo mostrare de manera más práctica se me acababa de ocurrir cuando te respondi...
Es bastante dificil sino me entiendes, lo que quiero explicarte es que tu mismo debes crear una estructura para poder guardar virtualmente archivos y carpetas dentro del archivo. Recuerda que las carpetas no son más que ramificaciones con nombre que contienen la información de los archivos. Te mostrare una posible estructura...
Podría iniciar con una Palabra que habra y cierre así como html, luego otra division adentro podria ser un archivo o una carpeta, recuerda que esto que estamos haciendo es inventado por nosotros, la carpeta será relativamente una carpeta y el archivo relativamente un archivo.
<EJEMPLO>
<Archivo="Cosa.txt">
<Cotenido>123456789</Contenido>
</Archivo>
<Carpeta="Esto_Es_Una_Carpeta">
<Archivo="Imagen.jpg">
<Cotenido>BLABLABLABLA</Contenido>
</Archivo>
<Carpeta="Carpeta_Dentro_De_Otra">
</Carpeta>
</Carpeta>
</EJEMPLO>
Si creamos una clase capaz de leer y escribir en este archivo, podríamos administrar archivos y carpetas dentro de un solo archivo.
Entonces se interpretaria así:
Un archivo llamado Cosa.txt que contiene "123456789", luego una carpeta llamada "Esto_Es_Una_Carpeta" que contiene un archivo jpg "Imagen.jpg" cuyo contenido es "BLABLABLABLA", ahora otra carpeta llamada "Carpeta_Dentro_De_Otra" que dentro de "Esto_Es_Una_Carpeta".
Considero esto algo complicado, si tu proyecto es grande y lo necesitas con urgencia lo podrías intentar sino entonces te puedes conformar con agregar los archivos simplemente a My.Resources.