Hola:

Hice una aplicación de C# que se ejecuta en el inico de Windows. Como no se puede borrar así mismo el propio ejecutable, crea un archivo bat o cmd a su lado, luego borra los dos archivos. Precisamente hace esto:

1. Ejecutar C#.
2. C# crea un archivo bat o cmd.
3. C# ejecuta el bat.
4. Bat tiene tiempo de retardo de 1 segundo.
5. C# después de crear el archivo bat, se cierra así mismo o se acaba el programa.
6. Después de pasar 1 segundo, borra el .exe y el bat .cmd así mismo.
7. No hay ningún rastro de archivos.

Si lo hay en el editor de registtro el ejecutable, lo he encontrado en estas direcciones y en la misma lo puede nombrar dos veces.

Por ejemplo, en esta ruta:
Equipo\HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\AppCompatFlags\Compatibility Assistant\Store

Se encuentra el ejecutable llamado:
C:\Users\Usuario\Desktop\Bat_desde_CS_Consola_02.exe

La ruta completa hay que borrarlo.

Eso si, debo crear un programa que permita localizar dentro del editor de registro el nombre del ejecutable y borrarlo.

¿Alguna idea como se hace?

Si les pica la curiosidad, el programa básico de lo que hace es este.

using System;
using System.ComponentModel;
using System.Diagnostics;
using System.IO;
 
namespace Bat_desde_CS_Consola_02
{
    class Program
    {
        static void Main(string[] args)
        {
            try
            {
                // Variables.
                string strFileFullName = @"archivo.cmd"; // Nombre del archivo.
                string ruta = Environment.GetFolderPath(Environment.SpecialFolder.Startup); // Ruta en Inico de Windwos.
                //string ruta = Environment.GetFolderPath(Environment.SpecialFolder.Desktop); // Ruta en el escritorio.
                string ficheroAGrabar = Path.Combine(ruta, strFileFullName); // Concatenar ruta.
 
                // Muestra la ruta en pantalla.
                Console.WriteLine(ruta); // C:\Users\Usuario\Desktop
 
                // Si no existe el archivo.
                if (!File.Exists(ficheroAGrabar))
                {
                    // Crea el contenido al archivo de texto.
                    File.WriteAllText(ficheroAGrabar, @"@echo off
TIMEOUT /T 1
DEL /S Bat_desde_CS_Consola_02.exe
DEL /S archivo.cmd
EXIT");
                }
 
                else // Si existe...
                {
                    // Codigo a ejecutar si existe...
                    Console.WriteLine("El archivo existe, así que no se sustituirá.");
                }
 
                // Ejecutar archivo.cmd.
                ProcessStartInfo psi = new ProcessStartInfo();
                psi.UseShellExecute = false;
                psi.CreateNoWindow = true;
                psi.WindowStyle = ProcessWindowStyle.Hidden;
                psi.FileName = strFileFullName; // archivo.cmd.
                Process.Start(psi);
 
                // Cerrar aplicación C#.
                Environment.Exit(-1);
            }
 
            catch (Win32Exception)
            {
                // No mostrar nada.
                // Cerrar aplicación C#.
                Environment.Exit(-1);
            }
        }
    }
}

No olvidar, en las propiedades, para que no muestre la ventana en ningún momento. Hasta el cmd también debe estar oculta, y lo logra con C#.

Otra pregunta.
A parte de todo esto. ¿Hay algún sitio, sea archivo en las profundidades de Windwos que dejen rastros?

Saludos.