Hola, hace mucho tiempo que no utilizo monodevelop. De las opciones que das las dos te pueden servir, la del proyecto vacio, es lo mismo que en el Visual Studio , tu tienes que crear todo, linkear las dll, etc, el proyecto de GTK#(wrapper de GTK, librearia grafica de GNOME) es uno de los simils que hay en linux para hacer forms, botones, cajas de texto, etc. de los que hay en  windows. Si elijes la segunda opcion, de primeras no seria compatible en windows, tendrias que descargar la librearia e instalarla, con esto te funcionaria bien, te dejo la pagina de MonoDevelop, esta la documentacion y otra info que te puede interesar http://monodevelop.com/Main_Page.

Ojala te sirva de algo, saludos.