Es verdad no se entiende, a lo mejor se refiere a usar comandos desde consola o hacer llamadas API a funciones de la aplicación ya compilada y luego poder llamar a dichas funciones desde el IDE de VB, o sea un DLL.
Algo como esto:
https://foro.elhacker.net/net/argumentos_o_parametros_en_exe_de_vbnet-t460765.0.htmlo librería DLL
<DllImport("MyFileDll.dll", CharSet:=CharSet.Auto)> _
Private Function GetValue(ByVal hWnd As System.IntPtr, _
ByVal lpTs As System.Text.StringBuilder, _
ByVal nMC As Integer) As Integer
End Function
Private Declare Function GetValue Lib "MyFileDll" (ByVal hwnd As Long, ByVal nIndex As Long) As Long