Obtener un certificado/firma digital de confianza no es gratis, se debe comprar un servicio que te la ofrezca, como por ejemplo VeriSign. Yo tuve una duda similar hace varios años ya, pregunté a verdaderos expertos bien entendidos en la legalidad de este tema y eso es lo que me dijeron y... créeme que mejor no quieras saber el precio de ese tipo de servicios (que además es anual o mensual según cual).

Es un tema delicado, a menos que seas rico olvídalo, y dudo que la advertencia se pueda bypassear con metodologías del tipo realizar una auto-elevación del proceso con nivel RequireAdministrator (en realidad no lo he probado), así que en mi opinión una de dos, o bien te limitas a utilizar una firma digital corriente como ya estás haciendo y la instalas para que no te vuelva a paracer ni en esa ni en el resto de de archivos que provengan del mismo autor del certificado, o si no estás satisfecho por que te sale la advertencia del certificado de desconfianza entonces simplemente mejor no lo firmes.

Saludos!