Es posible, pero en el CPanel tienes que crear o configurar un usuario existente dentro del motor de Base de Datos. Y asegurarte que el 'host' de este usuario, es o la IP publica de tu maquina (Si solo eres tu que siempre vas a conectarte) o decirle al MySQL remoto que de acceso global (cualquier PC desde cualquier parte) cambiandole el host a ese usuario creado o existente, Ejemplos:
Usuario donde solo tu IP publica puede conectarse remotamente a MYSQL:
'usuario'@'200.23.45.10'
Donde 200.23.45.10 = Tu IP publica (Recuerda si el host de ese usuario es tu IP publica solo podras conectarte remoto desde tu misma red, no podras ir a un cyber o similar y conectarte remoto a dicho usuario, ya que solo la IP anterior tiene acceso a conectarse remotamente a MySQL con ese usuario).
Usuario donde cualquier IP puede conectarse a MySQL remotamente:
'usuario'@'%'
Donde % = Cualquier IP desde cualquier ubicacion.
Recuerda, todo lo que va despues del arroba(@) es el 'host' del usuario remoto. Yo se asignar o actualizar el 'host' de un usuario mediante shell por MySQL con el usuario Admin del motor, se que se hace en CPanel de manera mas amistosa y grafica, pero ciertamente no recuerdo para guiarte.
Otro asunto, ten pendiente que si tu aplicacion al ser basada en .NET usara algun ODBC por lo cual las conexiones dependiendo la banda ancha disponible, seran un pelin mas lentas a responder sobretodo porque estaras trabajando en base a un motor de DB remoto y no local.
El problema que veo es que cualquiera que tenga acceso a la aplicacion podria decompilarla por mas que se ofusque el codigo por lo cual seria bastante riesgoso :S
Voy a ver que hago sino hago algo en linea con php y me ahorro problemas xD en parte