Como menconas, si quieres hacer tal cosa en C# tendrás que hacerlo desde 0. Ahora, la ventaja es que no necesitas realizar la aplicación como un editor de modelos basado en agentes, es decir que no tienes por que hacer un nuevo NetLogo sino simplemente realizar una aplicación que simule el modelo actual que no puedes simular en NetLogo, ¿no es así? En tal caso mejor deberías de decirnos cual es el modelo que quieres simular para darte ideas o soluciones en concreto para ese modelo.

Lo que mencionas sobre hacerlo en 3D puedes hacerlo "fácil" con librerías o frameworks para tal fin. Puedes, por ejemplo, usar Unity, XNA o DirectX.

Para explicar lo de los agentes:

https://www.youtube.com/watch?v=OogeV7q07cM

en el video, hay 2 tipos de agentes, el agente depredador y el agente presa. Es un modelo sencillo, si hay muchas ovejas los lobos la tienen mas fácil por que tienen mas comida, si se acaban las ovejas, entonces los lobos no tienen que comer y se mueren.

El modelo que yo planeo se parece al juego de mesa "asalto"
1 agente sería el agresor (manejado por un humano) que intenta asimilar los miles de agentes.

mi primer problema ha sido el mapa. Puesto que no he solucionado la forma de hacer en c# un mapa como el del video.

Por el momento hice un mapa con lugares discretos:


los agentes se mueven de forma discreta con rutas predeterminadas (algo que no me gusta) por ejemplo hay algunos agentes que están por 6 ticks en el nodo 79, luego se mueven "libremente" hasta volver al nodo 79 de nuevo para permanecer por el lapso del 6 ticks.

cuando hablo de 3d, es que cada nodo tiene mas de un nivel. Digamos que el nodo 1 es un edificio de 64 pisos, me parece muy difícil visualizar cuantos agentes están en los 5tos pisos de cada nodo.

¿Que es mi mapa en estos momentos?
es un matriz de 117x11
son 117 lugares que tienen coordenada en X,Y tienen un booleano para dejar entrar o no al agente invasor. y 8 posibles movimientos

por ejemplo el nodo 0 contiene está información:


al norte se puede mover al nodo 5, al NE al nodo 1 etc. está en la coordenada 0,0 y el ultimo valor 1 indica que el agente agresor puede pasar libremente por dicho nodo.

el nodo 18:

al norte se puede mover al nodo 6,pero al NE y NW no tiene movimiento valido, por eso el 256.

esta es por el momento mi solución al mapa. pero no me parece una solución optima.