Yo he trabajado con ambas en c# y desde mi punto de vista para c# es mejor sqlserver.
Con mysql tienes que instalar el conector, referenciar la libreria y utilizar sus funciones.
Sqlserver está como mas integrado y puede que por falta de mas experiencia con mysql pero me pareció que tienes mas funcionalidad, lo cual tampoco sería raro teniendo en cuenta que los dos productos son Microsoft.
Lo que sí es seguro es que encontrarás más documentación c#+sqlserver, y esto también es importante.

Al menos es mi opinión.

Saludos!

hola, mira como todo los lenguajes tienen sus propios componentes y propios base de datos en las cuales trabajan bien, si usas C# con visual studio .net puedes usar casi cualquier tipo de base  de datos aunque obviamente funciona mejor con SqlServer por ser de mcrosoft sin embargo si deseas trabajar con MySQL te recomiendo las herramientas de DevExpress sobre todo Xpo que es objetos sobre base de datos relacionales

http://www.devexpress.com/Help/?document=XPO

bajas el demo y usas los controles si los quieres en forma full mandame un correo.

Saludos.