1. Una vez q tengas todos los trozos del video, d la formas q tu deseas, unos rapidos, otros lentos o como sea, pero en formato avi, debes tener en cuanta q para unirlos stos avis deben tener justamente los mismo parametros y configuracion, si no, no podras pegarlos, asi q tendrias q recodificarlos todos en avi, pero dandole los mismos parametros.
Yo lo q hago es una vez q tengo todos los trozos en avi d la forma deseada, los paso a VCD (standar) y asi todos tienen los mismos parametros directamente sin tocar nada, pero ya en mpg, asi q los uno con el TMPGEnc, d sta forma:
http://www.mundodivx.com/varios/unirmpg.php

Luego una vez tengas ste .mpg con todos los videos pegados, puedes hacer lo q kieras con el, grabarlo como VCD o pasarlo a avi con el VirtualDub

2.Para insertar una imagen antes del video (un jpg o bmp) yo uso el VirtualDub, q tambien t permite crear un avi con una imagen fija y un audio d fondo. Una vez q tengas ste avi, lu puedes unir con tu video d la forma comentada anteriormente o si los avis son identicos en parametros con el VirtualDub directamente.
Para hacer un avi con un flash hay programas como son el flash2avi, aunke tambien puedes crear un avi capturando ese flash con el Camtasia, donde mas arriba tienes un manual d su uso para q t hagas una idea.Luego ste avi lo unes con el otro como tambien t comente mas arriba.

3.En plan efectos speciales? Kizas con algun programa d edicion d video.

Saludos.

Sourraund.