Si quieres que siga siendo un mpg pues usa el tmpgenc, y si no te importa que el video se convierta a avi pues usa el virtualdub o el spanishdub. En ambos casos lo mejor es que tu nuevo audio este en wav. (en el caso del tmpgenc es imprescindible.
Saludos...

Songoku

Para pasar el audio a wav prueba el dBPowerAmp Music Converter.
Para añadirle el audio vuelve a usar el VirtualDub o el SpanishDub

Saludos

Souraund.