El audio en mp3 y el AAC suelen son muy compatibles, pero el detalle está en ver el manual o etiqueta de tu proyector y mirar cual es el formato que admite, incluso puedes tomar muestras de un audio o video que hayas comprobado que si funciona sin problemas.

El proceso de separar el audio del video se le llama Demux (demultiplexar), puedes hacer todo esto a mano pero siempre suelo recomendar FFMPEG para la gente que sabe desenvolverse con la línea de comandos, o el gratuito y "sencillo" Format Factory, también para afinar más el códec puedes usar HandBrake o XMedia Recode. En caso de Software de Pago suele venir bien el Xilisoft Video Converter Ultimate.