Si, pero
NeroAAC funciona en
Winx64 de todas formas, pruebalo xD.
AAC es mi favorito, en mi opinion le seguiría el
MP3 (Lame), mientras los codecs se configuren correctamente al comprimir, debe dejar una calidad buenisima de audio.
Creo que el
AC3 tiene una version específica para 64 bit:
http://ac3filter.net/projects/ac3filter/releasesy
OGG (Vorbis).
http://www.vorbis.com/EDITO: No te obsesiones, que no hayan versiones para x64 solo significa que no van a usar todo el rendimiento de los procesadores del sistema (o eso creo xD), pero desde luego no afecta al resultado final, que es lo que importa.