El tema no es reanudar el audio (la grabación), sino el tener que cifrarlo cuando esta pausado.
No, no los podes unir estando cifrados, primero los tenes que unir sin cifrar y después cuando sea un solo audio ahí si podes cifrarlo.
El unir los audios es muy simple, cualquier editor de audio lo hace por ser una función muy básica, en Google podes buscar hay muchos softwares que hacen eso.