Si, solo tienes que convertir ese flv a flv nuevamente con el format factory y este te creara el nuevo flv con el audio en mp3. No olvides poner la resolucion (la misma que la del archivo original) y el bitrate de video y audio que quieras desde el boton de 'ajustar salida'.
Aunque mi consejo es que mejor ya que te pones a convertir conviertas los flv a avi que es mucho mas compatible con cualquier dispositivo, o si me apuras a mp4 pero no les dejes en flv que es un formato no muy compatible actualmente.
Saludos...

Songoku

Lo pase a mkv  Acc, pero las voces se escuchan muy bajas con respecto al sonido ambiente, los efectos y musica de la pelicula. Tanto en la compu como en el TV ? que tendria que modificar en el FormatFactory ???

Siento entrometerme pero... Una razón más de porque recomiendo la alternativa: StaxRip


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@serpollo
Tienes 4 opciones por mi parte, Te las voy diciendo por nivel de dificultad :

1º - Convertir el video MKV original con AviDemux eligiendo el formato y la ganancia para el archivo resultante de audio.
Sin perdida de calidad de video.






2º - Convertir el video con StaxRip eligiendo el formato y la ganancia para el archivo resultante de audio.
Sin perdida de calidad de video.



3º - Demuxear (Extraer) la pista de audio DTS del video ORIGINAL, Convertirla al formato que quieras (Mp3, AAc...), Aplicarle una ganancia a esa pista (Si lo crees necesario), Y volver a muxearlo (Juntarlo).
Para convertir un DTS, Lo puedes hacer muy facilmente con dbPowerAmp converter, O BeSweet (Desde la consola).

Sin perdida de calidad de video.



4º - Demuxear (Extraer) la pista de audio del video CONVERTIDO (Con la pista en AAC como comentas...), Aplicarle una ganancia a esa pista, Y volver a muxearlo (Juntarlo).
Te recomendaria mkvtoolnix para la extracción, Y AACGAIN para aplicar la ganancia, O iGain si prefieres no hacerlo desde la consola... Pero necesitas igualmente aacgain, Ya que iGain es la GUI...
Sin perdida de calidad de video.

Comando de ejemplo (Aplicar una ganancia de: 94 db / 100 db):
AACGAIN 1.9 > http://www.rarewares.org/files/aac/aacgain_1_9.zip

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Saludos.