Kami llevas tiempo el el foro deberías ya saber que debes hacer uso de titulos descriptivos para el tema

yo te recomiendo el Avidemux.

Tutorial Avidemux para cortar, unir, convertir vídeos
http://blog.elhacker.net/2013/12/manual-tutorial-avidemux-para-cortar-unir-videos.html

Aunque con el Format Factory también puedes hacerlo cortar el video, pero tienes que hacer más pasos xD

de la mitad del vídeo no sé si es posible hacerlo, pero siempre puedes cortar el vídeo en dos partes (trozos) y luego volverlos a unir, así eliminas los 3 segundos de en medio

Ah y también puedes cortar el vídeo con el repdocutor VLC Media Player, usando el botón de grabar:

Funciones y trucos para VLC Player
http://blog.elhacker.net/2013/01/funciones-y-trucos-para-vlc-player.html

Hola

1. Dices que tienes un video pero quieres cortarle AUDIO (no se si los demás se han dado cuenta de ese pequeño detalle...) entonces si realmente has expresado correctamente tus necesidades, lo que debes hacer es retrasar la pista de audio 3 seg, lo que puedes hacer en cualquier programa como avidemux, virtualdub, mkvtoolnix, etc... elige un programa, y cuando hayas decidido, si tienes dudas te explico como hacerlo.

2. Si tu intención es recortar tanto video como audio al mismo tiempo, avidemux es simple y sencillo, pero todo depende del formato de video y su codificación, si los keyframe de ese video duran 3 segundos, entonces podrás cortar 3 segundos con mucha mayor precisión que si los keyframes fuesen de 10 segundos, porque para cortar, se necesita un frame de referencia.

Saludos