Si la peli está en avi puedes insertar los subtítulos con el Virtualdub. Aquí tienes el tutorial:
http://foro.elhacker.net/index.php/topic,21841.0.html

O también puedes insertarlos mientras estás pasando la peli a mpg (con el TMPGEnc o Canopus Procoder). Necesitarás tener instalado el programa VobSub, la peli y los subtítulos deben tener el mismo nombre (pelicula.avi y pelicula.srt) y tan sólo debes preocuparte de pasar a mpg, ya que el VobSub insertará los subtítulos automaticamente.
Mientras pasas la película a mpg fijate que en la barra del menú, junto al reloj, aparece una flecha verde, eso significa que el VobSub se ha activado.

Saludos