Yo te aconsejo que pruebes con el virtualdub de mi web o el spanishdub, por cosas asi entre otras son por las que no me gusta el virtualdubmod. De todos modos si nos dices que conversion estas intentando realizar EXACTAMENTE y los pasos EXACTOS que das para ello y sobre todo si pones una captura del avicodec con la peli original cargada pues tal vez podamos intuir cual pudiera ser el problema, pero asi sin ningun dato que das pues ni siendo adivinos.
Saludos...

Songoku

El spanishdub puede añadir y quitar pistas de audio a un avi si es eso a lo que te refieres.
Y el virtualdub y sus mods no solo necesitan que esten instalados en el sistema los codecs necesarios osea aquellos con los que esta comprimido el video y el audio del archivo o peli en cuestion si no que ademas esta debe ser de uno de los tipos soportados por el virtualdub. Y si no intenta cargar en el virtualdub un rm o un mov por ejemplo y veras lo que sucede jeje.
Saludos...

Songoku

Con el VirtualDub y VirtualDubMOD también puedes quitar o añadir pistas de audio...

Abriremos el programa VirtualDubMOD y en el menú File -> Open video file... abriremos la película. Si al abrir nos sale un aviso de que el audio es VBR, le damos a NO (el aviso indica que el audio está en formato MP3 VBR, y daremos a NO para que luego no se desincronice el audio). A continuación podemos comprobar que tiene dos audios desde el menú File -> File information (saldrán las pistas de audio).

En el menú Video seleccionamos Direct Stream Copy. Después vamos al menú Streams -> Stream list. En este menú nos aparecerán todas las pistas de audio que tiene nuestro archivo. Elegiremos cuál es la que queremos nosotros, y todas las demás las deshabilitaremos con el botón Disable (para añadir pistas nuevas pulsamos en el boton "Add" y buscamos la pista en cuestion que queremos poner). Al deshabilitarlas, quedarán sombreadas todas menos la que nosotros queramos. Es frecuente dudar qué pista es la correcta, por ejemplo si tenemos audio en inglés o en español y necesitamos saber cuál es el español. Para averiguarlo la forma más rápida es probando... primero prueba con una, y si no es, pruebas con la otra.

Ya sólo nos queda ir al menú File -> Save as... y guardar el archivo en formato AVI.

Este proceso tarda 2 minutillos 

Con el SpanishDub:


Saludos.

Sourraund.

Pues para añadir igual, en el menu 'avi' le metes una pista de audio en el submenu 'audio' y otra en el submenu 'audio2'. Pero el spanishdub solo soporta pistas de audio en los formatos wav, mp3 (cbr y vbr), y ac3.
Saludos...

Songoku