Espero que no importe que reabra este hilo, pero hoy haciendo unas pruebas con los subtitulos creo haber encontrado otra solución a este problema de la numeración y el error al pasar de srt a ssa y evitar tener que editar manualmente la numeración de los subtítulos, ya que si se trata de una pelicula entera subtitulada.....hay bastante trabajo.
Siguiendo el ejemplo de Cobac, nuestro problema está en que nos "falta" el subtítulo nº 12.
Bien, abrimos el Subtitle Workshop y cargamos el archivo srt "dañado". Vereis que con el Workshop la enumeración es correcta, es decir, aparece el subtítulo nº 12.
Entonces abrimos el archivo srt dañado con el bloc de notas, más que nada para confirmar que las horas de inicio y final de los subtítulos coinciden, así que nos aseguramos que las horas de los subtitulos nº 11, 13 y 14 del bloc de notas coinciden con los nº 11, 12 y 13 respectivamente del Subtitle Workshop (no es necesario mirarlos todos). Quizás viendo la imagen quede más claro:
Si es correcto, tan solo hay que ir a la pestaña "File" del Workshop, opción "Save as" y guardarlo como SubRip (creais un nuevo srt).
Al pasarlo a ssa ya no aparecerá ningún error y el Virtualdub insertará todos los subtítulos correctamente.
Espero que pueda servir de ayuda para futuros problemas con los subtítulos.
Saludos