Eso no depende del programa usado sino de como se use el programa, osea basicamente de cuanto bitrate se de al video y/o al audio. De modo que no hay programas que lo conviertan con mas calidad que otros, todos lo convierten segun tu les uses (aunque tambien es cierto que algunos no permiten (o no facilmente) controlar el tema y son ellos los que te ponen unos valores por defecto que pueden no ser suficientes si tu video original tiene una gran calidad. En cualquier caso debes saber que NINGUNA conversion con NINGUN programa hará ganar calidad a un video ni a un audio, en cualquier conversion a lo mas que se puede aspirar es a mantener la calidad del video o audio original pero JAMAS REPITO JAMAS el video resultante podra tener mas calidad que el original (por mucho que les subas los valores de los bitrates lo unico que se lograria es que el archivo resultante pesara mas pero su calidad no variaria). Saludos...
Songoku
P.D te recomiendo como conversor de archivos de video el format factory.