Nop, la recompresión es justo eso volver a comprimir, ese proceso por lo general deteriora un poco o mucho la calidad del video, algunas veces se obtiene menor peso y en el peor de los casos se obtiene mala calidad y más peso XD

Lo ideal es hacer cortes limpios sin pérdida de calidad y sin recomprimir (LossLessCut), el DETALLE es que este tipo de cortes no es del todo preciso, es decir, si quieres cortar cada 25 minutos exactos y precisos al milisegundo pues no va a poder ser, puede que el corte se haga en el minuto 25:01 o 25:03 dependiendo del video, si se quiere precisión al milisegundo lo más probable es que se requiera recomprimir.

Obviamente recomprimir implica más tiempo y como dije deteriora poco o mucho el video. Un corte LossLess es instantáneo y no pierdes nada de calidad PERO no es preciso al milisegundo, al final todo depende de las exigencias de cada uno