Si vas a hacer la autoria del DVD con el TMPGEnc DVD Author no hace falta que los unas, ya que podras cargar el video y el audio por separado.
De todas formas, siguiendo el Project Wizard del TMPGEnc, justo en la última pantalla, hay una casilla que pone "Output video and audio as individual elementary streams", si la casilla no está activada te va a crear un solo archivo, mpg. Si la casilla está activada te va a crear dos archivos, video y audio por separado.