Tendran diferentes bitrates de video y/o diferentes codecs de compresion. Mira los datos de uno de los videos con el avicodec y luego recomprime al otro con esos mismos datos. Luego ya podrás unirles sin problemas.
Saludos...
Songoku
con bitrate te refieres a framerate?, los tengo los dos a 25.000 osea que el framerate es =, ala lo que no se si el bitrate es = que el framerate