Hace mucho que no lo hago y no sé si a estas alturas habrá alguna forma más óptima de hacerlo. Yo lo hacía así:

El primer paso es copiar al disco duro los archivos del DVD descifrados. Para ello puedes utilizar el DVDDecripter.

A continuación procesa los ficheros VOB con el DVD2AVI. Aquí deberás elegir la pista de audio que desees utilizar. El proceso te dejará un fichero WAV con el sonido y un pequeño fichero con extensión ".d2v" con el video (no contiene exactamente el video pero para lo que queremos hacer como si lo tuviera )

Por último en el TMPGEnc utilizamos el fichero ".d2v" como video y el Wav como audio. Para ver como utilizar el TMPGEnc puedes mirar el tutorial de KVCD que tienes en este mismo subforo por ejemplo.