Hola
nose si es el mejor pero el que yo uso es el Project64

BUeno, yo uso el Project64, para mi es el mejor, ya que es compatible con muchos plugins, tanto de video, controlador y audio, soporta las memorypack, transferpack, rumblepack, y soporta la conexion con cualquier emulador de gameboy, por ejemplo el visualboy o el battery, para enlazar tu gameboy con tu 64.

Aqui puedes encontrar todo sobre el: http://www.pj64-emu.com/