A ver si te sirve esto, ten en cuenta la rutas también para que no te hagas un lio. Para ejecutar un script supongo que será igual, en vez de programa1 pones el nombre del script no?

 
try{
  //abrimos un programa
  Process p = Runtime.getRuntime().exec("programa1"); //tambien le puedes poner argumentos
  //Process p = Runtime.getRuntime().exec("programa1 arg1");
  int exitCode = p.waitFor();
  System.out.println(exitCode);
  p = Runtime.getRuntime().exec("programa2");//abrimos otro
  if (exitCode != 0)
  {
   //si sale mal... aqui deberias poner algo
    //..
    p = Runtime.getRuntime().exec(cmd);
  }
  }catch (IOException e){
    e.printStackTrace();
  }catch (InterruptedException ee){
      ee.printStackTrace();
 
  }
 
 

Si, abre dos programas distintos, lo he puesto por poner un ejemplo.
Prueba ha escribir:

Process p = Runtime.getRuntime().exec("cmd /c nombreScriptOComando");

No tengo ni idea de que ocurrirá pero para probar y evitar problemas de rutas deja el script en c:/ por si te da problemas con los espacios de la ruta. Luego tu verás si te funciona con la ruta.

Mira si haces esto te sale la consola y una pausa (cuando termine se cerrará):

Process p = Runtime.getRuntime().exec("cmd /c pause");
//no he probado el comando entero, solo he probado "inicio" -> "ejecutar" -> cmd /c pause

Suerte.