Hale, borro todo lo que puse sobre este post, ya que no recibí ayuda, para plantear el problema de otra forma. El problema, es que en consola, cuando usas la clase Scanner y el println() se ponen los int que has introducido donde quieren, pudiéndote quedar un menú así:
1. Opción uno
2. Opción dos
1
3. Opción tres
4. Opción cuatro
Cuando pulsas el 1 y lo recoges con un NextInt(). ¿Hay forma de solucionarlo? ¿Es por el IDE? ¿O es que java no está bien desarrollado para consola?