bueno este es el problema ya e trabajado con Jar un monton de vese y los e creado varias veces y jamas e tenido un solo porblema
bueno cuando agrego un panel con distribucion xylayout y creo el jar se crea satisfacoriamente pero cuando los ejecuto no pasa nada pero si buelvo a quitar el jpanel con distribucion xllayout y creo el jar de la misma forma funciona normal

con esto arranco el programa
import java.awt.Dimension;
import java.awt.Toolkit;

import javax.swing.JFrame;
import javax.swing.UIManager;

public class aplicacion {
    public aplicacion() {
        JFrame frame = new ventana();
        Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
        Dimension frameSize = frame.getSize();
        if (frameSize.height > screenSize.height) {
            frameSize.height = screenSize.height;
        }
        if (frameSize.width > screenSize.width) {
            frameSize.width = screenSize.width;
        }
        frame.setLocation( ( screenSize.width - frameSize.width ) / 2, ( screenSize.height - frameSize.height ) / 2 );
        frame.setDefaultCloseOperation( JFrame.EXIT_ON_CLOSE );
        frame.setVisible(true);
    }

    public static void main(String[] args) {
        try {
            UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName());
        } catch (Exception e) {
            e.printStackTrace();
        }
        new aplicacion();
    }
}

esta es mi ventana

import java.awt.BorderLayout;
import java.awt.Color;
import java.awt.Dimension;

import javax.swing.JFrame;
import javax.swing.JPanel;

import oracle.jdeveloper.layout.XYLayout;

public class ventana extends JFrame {
    private BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
    private JPanel jPanel1 = new JPanel();
    private XYLayout xYLayout1 = new XYLayout();

    public ventana() {
        try {
            jbInit();
        } catch (Exception e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }

    private void jbInit() throws Exception {
        this.getContentPane().setLayout(borderLayout1);
        this.setSize( new Dimension(400, 300) );
        jPanel1.setLayout(xYLayout1);
        jPanel1.setBackground(Color.red);
        xYLayout1.setWidth(140);
        this.getContentPane().add(jPanel1, BorderLayout.EAST);
    }
}