Yo uso Eclipse. Cuando elijo crear una nuevo proyecto se crea un carpeta donde se meten los archivos, lo mismo pasa cuando creo un paquete dentro de un proyecto, un paquete es una nueva carpeta.

¿Cuál es la diferencia entre la carpeta que se crea cuando hago un proyecto y la de un paquete? ¿Para el compilador o la máquina virtual existe alguna diferencia? ¿Hay algún problema con crear paquetes de nombres iguales, en proyectos diferentes?