Hola, yo creo que depende mucho que tipo de aplicaciones quieras crear.

No he escuchado mucho de javaFX, pero en J2ME tengo algo de experiencia.

Como todo, hay pros y contras, la mayoria de los telefonos existentes actualmente no creo que soporten aplicaciones hechas en JavaFX, es más, no sé si las aplicaciones hechas en este lenguaje se distribuyen como un paquete (es decir, algo parecido a un archivo instalable/ejecutable) o si se ejecutan de modo cliente/servidor.

Si quieres trabajar con bluetooth, debes ver el soporte que existe, creo que en flash lite (que es la version Flash para mobiles) no existe el acceso a la pila bluetooth que si puedes acceder por J2ME (o C en caso de los nokia con Symbian).

Ahora como contra a J2ME, es basicamente el tema estetico, o bien te la juegas usando canvas (es, decir, dibujar tu mismo las lineas, poner las imagenes en determinada coordenada, etc, corriendo el riesgo de que no se vea bien en algun terminal de un tamaño de pantalla distinto a donde probabas la aplicacion) o simplemente te vas con los Forms ya hechos y 'universales' para todos los telefonos que soportan java.

Como conclusión te recomiendo que veas que es lo que quieres hacer, si es algun tipo de juego, alguna aplicación más orientada a un entorno empresarial, jugar con el tema del bluetooth, entre otras cosas.. y dependiendo de esto decidir por uno u otro producto.