Buenas
Nosotros en la uni, almenos en la asignatura de Elementos de Programación, lo hicimos todo en Vim y programemos con Python y Java. Personalmente es bueno no empezar directamente a programar con Ide's cuando uno es novato, ya que no se pueden aprender muchas cosas que el mismo Ide hace automáticamente, como compilar el código, ejecutarlo, crear jar's, crear documentación, etc.
Así que para Linux, búscate un buen editor primero (recomiendo Vim) e instala el JDK y JRE. Más adelante, cuando los programas se vayan haciendo mas extensos y complicados, te darás cuenta que hace falta algo "más profesional". Entonces usa un Ide (Netbeans o Eclipse).
Espero haber sido de ayuda!
Saludos!
programemos... hago estudios de secundaria y me matarian por escribir eso...
saludos