Hola alguien me puede decir donde puedo encontrar algun manual sobre como programar java en linux: programacion, compilacion, ejecucion, paquetes necesarios, etc...
un saludo y gracias

Como te dicen allá arriba, es lo mismo. Solo te instalas el java y haces lo que hacias en windows por consola. Ahora, si no te quieres complicar con la consola, te instalas algún IDE (recomiendo el eclipse):

http://casidiablo.blogspot.com/2006/09/compiladores-e-ides.html

Saludos!!!