Hola BJM,

¿Me hablas de una web app o desktop app?

Si se trata de una aplicación web es muy sencillo, simplemente muestras la animación flash en una pequeña ventana modal.

Si por el contrario se trata de una aplicación escritorio, ahí si la tendrías complicada. Ahora mismo veo algunas opciones:

• Tener dentro de la aplicación la animación y para mostrarla, activar el navegador por defecto y cargar la animación.
• Utilizar JavaFX y mostrar la animación en HTML5 en un WebView.

Personalmente me inclino por la segunda opción. Además que FlashPlayer consume más recursos y ya entró en declive, HTML5 es más flexible y potente, al ser javascript.

Por supuesto, todo dependerá de tus necesidades y/o conocimientos.

Un saludo.