Entonces lo que debes hacer es buscar una clase que puedas leer los datos de USB o si fuese de un puerto COM. Para ello java no tiene ninguna clase nativa que lo haga pero hay librerias en inet que son libres y otras no. Solo debes leer el buffer del circuito o algun registro en particular.

En mi caso lo que he realizado es leer el buffer de un GPS a traves de un puerto COM.

jPicUSB, yo lo uso y funciona bastante bien, solo no en java 64 bits
se usa con los PIC de microchip en modo bulktransfer,
otra forma de hacer el electrocardiograma es con la tarjeta de sonido
y java si puede manejar los datos del microfono,
o con un clase HDI no requiere drives...
si vas a usar los PIC de micrchip te recomiendo:
tipo de trasferencia de datos: USB-BULK
compilador PICC para el firmware
la biblioteca java jPicUSB 1.1.1
y mchpusb drivers

alguna otra duda o donde conseguir todo eso me dices