no los elimina a todos. Mi código es el siguiente:
import java.util.*;
public class *****
{
	public static void main(String[] args)
	{
			ArrayList<Integer> valores = new ArrayList<Integer>();
			int valor, limite = 20;
			for(int i = 0; i < limite; i++)
			{
				valor = (int)(Math.random() * 100);
				valores.add(valor);
			}
			System.out.println("Deteccion de multiplos de 5 y 2");
			for(int i = 0; i < valores.size(); i++)
			{
				if(valores.get(i) % 5 == 0)
				{
					System.out.println(valores.get(i) + " <--- 5");
				}
				else if(valores.get(i) % 2 == 0)
				{
					System.out.println(valores.get(i) + " <--- 2 ");
				} else {
				System.out.println(valores.get(i));
				}
			}
			// Eliminacion:
			for(int i = 0; i < valores.size(); i++)
			{
				if(valores.get(i) % 5 == 0)
				{
					valores.remove(i);
					limite--;
				} else if(valores.get(i) % 2 == 0)
				{
					valores.remove(i);
					limite--;
				}
			}
                        // Verificar
			System.out.println("Deteccion de multiplos de 5 y 2");
			for(int i = 0; i < valores.size(); i++)
			{
				if(valores.get(i) % 5 == 0)
				{
					System.out.println(valores.get(i) + " <--- 5");
				}
				else if(valores.get(i) % 2 == 0)
				{
					System.out.println(valores.get(i) + " <--- 2");
				} else {
				System.out.println(valores.get(i));
				}
			}
 
	}
}

Deteccion de multiplos de 5 y 2
59
39
94 <--- 2 
9
51
48 <--- 2 
92 <--- 2 
62 <--- 2 
46 <--- 2 
94 <--- 2 
88 <--- 2 
4 <--- 2 
25 <--- 5
22 <--- 2 
66 <--- 2 
63
36 <--- 2 
50 <--- 5
71
3
Deteccion de multiplos de 5 y 2
59
39
9
51
92 <--- 2
46 <--- 2
88 <--- 2
25 <--- 5
66 <--- 2
63
50 <--- 5
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