Lo de super(x, y) se tiene que usar a la fuerza porque estás heredando de la clase Point, y los atributos de esa clase deben ser inicializados con el constructor de esa clase, ya que tú en tu clase Punto3D no puedes acceder de forma directa a esos atributos. Es decir, tú no podrías hacer lo siguiente:

public Punto3D(int x, int y, int z){
this.x = x;
this.y = y;
this.z = z;
}

El compilador te daría error, ya que estás intentando acceder a atributos que no están declarados en tu clase, si no que han sido heredados.

Por el mismo motivo en el método move debes hacer una llamada a super.move(x, y) porque si no, no podrías cambiar el valor de esos atributos.

Saludos.

La herencia en java sirve para la reutilización de código entre otras cosas, y aunque en tu caso no sean demasiadas lineas de código, o demasiadas funcionalidades, la herencia viene estupendamente. Además, es un buen hábito el desarrollar las clases empleando el código de otras que ya están programadas, por varios motivos, entre ellos, que te ahorras mucho trabajo, y si detectas un error tan solo debes corregirlo en sitios muy puntuales.

Como tú dices, si no heredases de Point podrías declarar los tres atributos y asignarles valores tal y como dices, aunque heredando también puedes declarar tres atributos con el mismo nombre que los que hay en la clase padre y manipularlos, pero estarías duplicando atributos, lo cual no es que sea muy bueno.

Yo dejaría el código como está, heredando de Point, así si alguna vez quisieses añadir alguna funcionalidad para la clase Punto la tendrías también en la clase Point3D.

Saludos.