Lo que yo recomendaría es que el a reglo generado lo ordenaras, y después en tiempo lineal lo recorres y vas contando he imprimiendo cuantas veces se repite.
La ordenacion sera lo principal, por lo que hay 2 posibles formas.

Si de antemano tu sabes que los números generados tienen un limite, esto es, están en un rango. Entonces solamente has un arreglo de tamaño n donde n es el limite de los números generados, y comienza a recorrer el arreglo random, si aparece un 500, entonces en la posición 500 del nuevo arreglo le pones un uno, si este se vuelve a encontrar a un 500 entonces incrementa.

Si no tienen limite, entonces simplemente implementa cualquier algoritmo de ordenamiento, que preferiblemente tenga complejidad de nlogn.

		Random rnd = new Random();
		int valor, limite = 7;
		int arreglo[] = new int[limite];
		msj("Numeros Aleatorios");
		for(int x = 0; x < limite; x++)
		{
			valor = rnd.nextInt(limite)+1;
			arreglo[valor-1]++;
			msj(valor);
		}
 
		msj("\nNumeros Repetidos");
		for(int x = 0; x < arreglo.length; x++)
			msj("El Numero " + (x+1) + " Se Repite: " + arreglo[x] + " veces");